Федеральный закон № 99-ФЗ предусматривает сокращение перечня видов деятельности, подлежащих лицензированию и упорядочивает саму систему лицензирования.
Согласно закону обеспечение авиационной безопасности, коллекционирование и экспонирование оружия, производство протезно-ортопедических изделий, медицинской техники, средств измерения, игрового оборудования и ряд других видов деятельности не подлежат лицензированию. Начало деятельности в данных сферах переведено на уведомительный порядок.

Применительно к морским перевозкам опасных грузов, их буксировки, погрузочно-разгрузочной деятельности в морских портах лицензирование заменяется обязательным страхованием гражданской ответственности. Деятельность в сфере экспертизы промышленной безопасности заменяется саморегулированием или аккредитацией.

Согласно положениям Федерального Закона сохраняется медицинское лицензирование, лицензия потребуется для осуществления деятельности в сферах пассажирских перевозок, реставрации объектов, имеющих историко-культурное значение, тушения пожаров. Лицензирование сохраняется лишь там, где оно необходимо и под это определение подпадают 49 видов деятельности, а порядок выдачи лицензий унифицируется. При этом в некоторых сферах деятельности порядок лицензирования может иметь специфические особенности.

Уже в июле 2012 года ряд лицензионных процедур переводится в электронную форму. Согласно закону вносятся изменения в порядок лицензионного контроля. В первый год деятельности риск нанесения ущерба при ее осуществлении наиболее высок и поэтому первую проверку лицензиатов будут осуществлять через год после получения лицензии. Далее плановые проверки будут производиться в обычном режиме.